Конформаційна ємність молекули 5'-дезоксиаденілової кислоти: квантово-механічне дослідження методом функціоналу густини

Мова статті: 
Українська
Автор(и) статті: 
Ніколаєнко Т.Ю., Булавін Л.А., Говорун Д.М.
Вихідні данні статті: 
Український біохімічний журнал. – 2011. – Т. 83, №4. – С. 16–28.
Назва журналу: 
Український біохімічний журнал
Рік публікації: 
2012
Volume: 
83
Issue: 
4
Ключові слова: 
нуклеотид, 5′-дезоксіаденілова кислота, конформаційний аналіз, ДНК, ab initio розрахунки, водневі зв’язки
Ключове слово: 
нуклеотид
Ключове слово: 
5′-дезоксіаденілова кислота
Ключове слово: 
конформаційний аналіз
Ключове слово: 
днк
Ключове слово: 
ab initio розрахунки
Ключове слово: 
водневі зв’язки
Квантово-механічним методом функціоналу густини на рівні теорії MP2/6-311++G(d,p) // DFT B3LYP/6-31G(d,p) проведено повний конформаційний аналіз молекули 5′-дезоксіаденілової кислоти. Виявлено 726 її конформерів із відносними енергіями Гіббса від 0 до 12,1 ккал/моль за нормальних умов. Встановлено, що енергетично найвигіднішою є структура із «північною» (N) конформацією фуранозного кільця та syn-орієнтацією нуклеотидної основи, стабілізована внутрішньомолекулярними водневими зв’язками OP1HP1∙∙∙N3 та O3'H∙∙∙OP. Структура чотирьох із виявлених конформерів подібна до структури нуклеотидів ДНК у AI-, і чотирьох – у BI-формі. Структура одного із одержаних конформерів 5′-дезоксіаденілової кислоти (з відносною енергією ΔG = 5,4 ккал/моль) близька до відомої кристалічної структури гідрату натрієвої солі цієї молекули, встановленої методами рентгеноструктурного аналізу. Показано, що найчутливішими до конформації молекули є заряди атомів C4′ і C5′. Продемонстровано роль внутрішньомолекулярних водневих зв’язків типу OH∙∙∙N у формуванні просторової структури молекули.
Назва підрозділу: 
ІВТ
Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біофізики
ІНСТИТУТ ВИСОКИХ ТЕХНОЛОГІЙ Матеріали дозволено використовувати на умовах GNU FDL без незмінюваних секцій та Creative Commons Attribution/Share-Alike
Дизайн: Інститут високих технологій
Ivan Ivanov