КОНФОРМАЦІЙНА РУХЛИВІСТЬ ТИРОЗИЛ-тРНК СИНТЕТАЗИ ЕУБАКТЕРІЇ M. tuberculosis ПО ДАНИМ МОДЕЛЮВАННЯ МОЛЕКУЛЯРНОЇ ДИНАМІКИ

Мова статті: 
Українська
Автор(и) статті: 
Микуляк В. В., Корнелюк О. І
Вихідні данні статті: 
Фізика живого, Т. 20, No2, С.111-119, (2012)
Назва журналу: 
Фізика живого
Рік публікації: 
2012
Volume: 
20
Issue: 
2
Ключові слова: 
ирозил-тРНК синтетаза, Mycobacterium tuberculosis, молекулярна динаміка, GROMACS, грід-технології
Ключове слово: 
ирозил-трнк синтетаза
Ключове слово: 
mycobacterium tuberculosis
Ключове слово: 
молекулярна динаміка
Ключове слово: 
gromacs
Ключове слово: 
грід-технології

Тирозил-тРНК  синтетаза  еубактерії  M. tuberculosis(MtTyrRS) є  ферментом,  який  каталізує  приєднання  тирозину  до
гомологічної тРНК на дорибосомному етапі синтезу білка у бактерій. ІнгібуванняMtTyrRS може суттєво інгібувати ріст
патогенних  бактерій,  тому  MtTyrRS є  перспективною  мішенню  для  розробки  нових  протитуберкульозних  препаратів,
оскільки  не  здатна  до  перехресного  розпізнавання  та  аміноацилювання  цитоплазматичної  тРНК
Tyr
людини.  В  роботі
проведено моделювання молекулярної динаміки(МД) димера MtTyrRS в розчині при умовах, наближених до фізіологічних,
в часовому інтервалі90 нс з використанням комп’ютерних грід-технологій та сервісів віртуальної лабораторіїMolDynGrid.
Отримані  дані  про  високу  антисиметричну  конформаційну  рухливість  С-модулів  відносно  каталітичнихN-модулів
синтетази  завдяки  конформаційній  гнучкості  неструктурованого  міжмодульного  лінкера.  Виявлена  також  висока
конформаційна рухливість амінокислотних залишків в неструктурованій каталітичній петлі активного центра фермента,
причому в процесі  МД каталітична петля здатна формувати два антипаралельні динамічні β-стренди.

Назва підрозділу: 
Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біофізики
ІНСТИТУТ ВИСОКИХ ТЕХНОЛОГІЙ Матеріали дозволено використовувати на умовах GNU FDL без незмінюваних секцій та Creative Commons Attribution/Share-Alike
Дизайн: Інститут високих технологій
Ivan Ivanov