Біоінформатика

Інcтитут/Факультет: 
ІВТ
Курс: 
1-Маг
Семестр: 
2
Підсумковий контроль: 
залік
Лектор: 

Нипорко О. Ю., к. біол. н., доцент

Кафедра: 
Кафедра молекулярної біології, біотехнології та біофізики
Вид навчального курсу: 
Нормативний курс

Мета навчальної дисципліни „Біоінформатика”: навчити студентів орієнтуватися в сучасних концепціях біоінформатики,  дати цілісне уявлення про структуру та методи аналізу біологічних послідовностей, структуру та методи аналізу просторових структур біологічних молекул, структуру та методи комп’ютерного геномів, сформувати у студентів цілісний і системний й погляд на організацію біологічної інформації на молекулярному рівні.

Предметом навчальної дисципліни „ Біоінформатика ” є загальні закономірності організації і аналізу інформації, що міститься в біомолекулярних системах.

Курс поділено на 3 змістовні модулі: I модуль (1 кредит) включає в себе інформацію про основні поняття біоінформатики та основи аналізу біологічних послідовностей (класична біоінформатика); II модуль (1 кредит) – струтурну біоінформатику (основи просторової організації біомакромолекул та методи обчислювального її відтвореня,  поведінки та аналізу) ; IІІ модуль (1 кредит) – обчислювальну геноміку (обчислювальні методи аналізу повних геномів, їх порівняння, розпізнавання генів, метаболічна реконструкція).

Вимоги до знань та вмінь.

Знати: основні концепції аналізу біологічних текстів, основні концепції відтворення і аналізу просторової організації біомолекул, основи організації цілих геномів та методи їх порівняльного аналізу.

Вміти: аналізувати та порівнювати біологічні тексти, працювати з банками даних біологічних послідовностей і просторових структур, здійснювати парне та множинне вирівнювання послідовностей, реконструювати просторову структуру, розраховувати поведінку і аналізувати особливості просторової структури білків, визначати білок-кодуючи ділянки в нуклеотидних послідовностях, проводити філогенетичний аналіз, вміти цілісно і системно мислити.

Місце в структурно-логічній схемі спеціальності. Дисципліна «Біоінформатика» є базовою для вивчення більшості курсів з циклів фундаментальної природничо-наукової підготовки та професійної підготовки.

 

Список літератури: 

 

Перелік рекомендованої літератури

Основна

  1. Bioinformatics and Functional Genomics, Jonathan Pevsne, Wiley-Blackwell – 2009
  2. Structural Bioinformatics edited by Philip E. Bourne, Helge Weissig, Willey-Liss. – New Jersej, 2009
  3. Computational Structural Biology: Methods and Applications edited by Torsten Schwede, by Manuel C. Peitsch World Scientific Publishing Co Pte Ltd – Singapore/SG, 2008

Додаткова

  1. Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs Altschul S.F., Madden T.L., Schaffer A.A., Zhang J., Zhang Z., Miller W., Lipman D.J.  1997 http://nar.oupjournals.org/cgi/content/full/25/17/3389
  2. Protein Sequence Alignment and Database Scanning Geoffrey J. Barton  199 http://barton.ebi.ac.uk/barton/papers/rev93_1/rev93_1.html
  3. GeneBee-NET:Internet-based server for analyzing biopolymers structure, Brodsky L.I., Ivanov V.V., Kalaidzidis Ya.L., Leontovich A.M., Nikolaev V.K., Feranchuk S.I., Drachev V.A.  1995 http://www.genebee.msu.su/services/hlp/req1hlp.html
  4. Applications and statistics for multiple high-scoring segments in molecular sequences, Karlin S., Altschul S.F.  1990 http://www.pnas.org/cgi/reprint/90/12/5873
  5. Proteomics in Functional Genomics,  Jolles P. 2000
ІНСТИТУТ ВИСОКИХ ТЕХНОЛОГІЙ Матеріали дозволено використовувати на умовах GNU FDL без незмінюваних секцій та Creative Commons Attribution/Share-Alike
Дизайн: Інститут високих технологій
Ivan Ivanov